Az ERP szoftverek a készletkezelésre is külön modult kínálnak. Ez az úgynevezett logisztikai rendszer, ami folyamatos és akár visszamenőleges készletkezelést is lehetővé tesz. Ennek köszönhetően, nemcsak aktuális kimutatások készíthetőek, hanem időben visszanyúló összesítések is. Ez hasznos lehet az értékelések készítése során, hiszen egyszerűen elő lehet hívni a múltbéli adatokat is.
A logisztikai rendszer a belső felhasználás, a raktárközi mozgás, az anyagkiadás és az anyag-bevételezés folyamatait is támogatja, tehát látható, hogy teljes rálátást ad a készlet állapotára. Természetesen kapcsolatban van a többi modullal is, így a logisztikai rendszer adatai elérhetőek más funkciókból is, akárcsak fordítva.
A plusz munka és a dokumentumok, információk ismétlődésének elkerülése miatt nagyon fontos, hiszen mindkettő a hatékonyságot csökkenti. Természetesen a vállalatirányítási rendszerek megalkotói is teljes mértékben tisztában vannak ezzel, ezért a logisztikai rendszer és az egész szoftver is a legnagyobb átláthatóság és a legkönnyebb használhatóság jegyében születik meg.